ക്രിസ്തുമത സന്ദേശം മലങ്കരയില്‍ ആദ്യമായി എത്തിയത് പന്ത്രണ്ടു അപ്പോസ്തോലന്മാരില്‍ ഒരുവനായ തോമാ സ്ലീഹായിലൂടെ ആണ്. അപ്പോസ്തോല പ്രവര്‍ത്തികള്‍ 13:26 പ്രകാരം AD 37-ല്‍ വി.പത്രോസ് ശ്ലീഹ അന്ത്യോഖ്യായില്‍ സിംഹാസനം സ്ഥാപിക്കുകയുണ്ടായി. കേരളത്തിലെ ക്രൈസ്തവ ചരിത്രം അനുസരിച്ച് AD 52-ല്‍ വി. തോമാ ശ്ലീഹ കപ്പല്‍ മാര്‍ഗ്ഗം അന്നത്തെ മലബാറിലെ മുസ്സിരിസ്സില്‍ എത്തിച്ചേരുകയും, ക്രിസ്തു മാര്‍ഗ്ഗം പ്രസംഗിച്ചു അനേകരെ ക്രിസ്തു മാര്‍ഗ്ഗത്തില്‍ ചേര്‍ത്തു. അതനുസരിച്ച് കള്ളി, കാളിയാങ്കല്‍, ശങ്കരപുരി, പകലോമറ്റം എന്നെ ബ്രാഹ്മണ കുടുംബങ്ങള്‍ ക്രിസ്തു മാര്‍ഗ്ഗം സ്വീകരിച്ചു. ശേഷം മാല്യങ്കര, കോട്ടക്കാവ്, പാലൂര്‍, കൊക്കമംഗലം, നിരണം, കൊല്ലം, നിലക്കല്‍, തിരുവാങ്കോട് എന്നീ ഏഴര പള്ളികള്‍ സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. AD 72-ല്‍ മൈലാപ്പൂരില്‍ വച്ച് തോമാ ശ്ലീഹ കൊല്ലപ്പെടുകയും, അവിടെ തന്നെ കബര്‍ അടക്കപെടുകയും ചെയ്തു. തോമാശ്ലീഹായുടെ കബറിടം മൈലാപൂരിൽ ഇപ്പോഴുണ്ടെങ്കിലും അവിടുത്തെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം എഡേസയിലേക്ക് (ഉര്‍ഹോയ്)(തുര്‍ക്കി) കൊണ്ടുപോയി.
തോമാ ശ്ലീഹാ വാഴിച്ച പുരോഹിതന്മാര്‍ക്ക് പിന്‍തുടര്‍ച്ചക്കാരില്ലാതെ വരികയുണ്ടായപ്പോള്‍, AD 345-ല്‍ അന്ത്യോഖ്യായുടെയും കിഴക്കൊക്കെയുടെയും പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് മോര്‍ ഒസ്താത്തിയോസിന്‍റെ നിര്‍ദേശ പ്രകാരം കാനായിക്കാരനായ തോമായുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ എഡേസായിലെ മോര്‍ യൌസേഫ് മെത്രാനും രണ്ടു വൈദീകരും അടക്കം നാനൂറു പേരടങ്ങുന്ന 72 കുടുംബങ്ങള്‍ മലങ്കരയിലേക്ക് കുടിയേറി പാര്‍ത്തു. ഇവരുടെ പ്രവര്‍ത്തനം മലങ്കരയിലെ ആദിമ ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ക്ക് ഇതൊരു നല്‍വരമായി തീരുകയും, തന്മൂലം മലങ്കരയിലെ ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ അന്ത്യോഖ്യായിലെ സുറിയാനി സഭയുടെ ചിട്ടകളും ക്രമങ്ങളും സ്വീകരിക്കുകയും, അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കീസിന്‍റെ സ്ലൈഹീക സിംഹാസനത്തിന്‍ കീഴില്‍ വരികയും ചെയ്തു.
മലങ്കരയിലെ ആദിമ ക്രിസ്ത്യാനികളും ഇവിടെ കുടിയേറി പാര്‍ത്ത കാനായിക്കാരായ ക്രിസ്ത്യാനികളും തല്‍ഫലമായി സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ എന്നാ പേരില്‍ അറിയപ്പെടാന്‍ തുടങ്ങി. നസ്രാണികള്‍, മാര്‍ത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ എന്നാ പേരിലും ഇവര്‍ അറിയപ്പെട്ടു. 1490-ല്‍ നെസ്തോറിയന്‍ മെത്രാന്മാരുടെ വരവ് വരെ മലങ്കരയിലെ ക്രൈസ്തവ സഭ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയ്ക്കും, കിഴക്കിന്‍റെ തലവന്‍ (ആധ്യാത്മിക കീഴ്സ്താനി) ആയ കാതോലിക്ക/മഫ്രിയാനോയുടെ കീഴില്‍ നിലനിന്നു.
പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ പറങ്കികള്‍ വരികയും, മലങ്കരയിലുള്ള സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളെ പറങ്കി മതത്തിലേക്കു (ലത്തീന്‍ കത്തോലിക്കാ) മാറ്റാന്‍ ശ്രമം ആരംഭിച്ചു. അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി സഭയുടെതായ ചിട്ടകളും ക്രമങ്ങളും തടസപ്പെടുത്തുകയും, ബലമായി ലത്തീന്‍ വിശ്വാസങ്ങളും ആരാധനകളും അടിചെല്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്യാന്‍ തുടങ്ങി. സുറിയാനി സഭയുടെ പുസ്തകങ്ങളും ചരിത്ര രേഖകളും നശിപ്പിക്കുകയും, സത്യ വിശ്വാസത്തില്‍ ഉറച്ചു നിന്നവരെ പ്രലോഭിപ്പിക്കുകയ്യും, അതില്‍ വീഴത്തവരെ ക്രൂരമായി പീഡിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. സത്യ വിശ്വാസത്തില്‍ ഉറച്ചു നിന്ന മലങ്കരയിലെ സുറിയാനിക്കാര്‍ പ്രതികരിക്കുകയ്യും പ്രധിഷേധിക്കുകയും, അന്ത്യോഖ്യയില്‍ നിന്നുള്ള പിതാക്കന്മാരുടെ അകമഴിഞ്ഞ പിന്തുണ ലഭിക്കുകയും, തല്‍ഫലമായി സത്യ വിശ്വാസം പുനസ്തപിക്കുകയ്യും ചെയ്തു.
19-ആം നൂറ്റാണ്ടില്‍ സഭയില്‍ മറ്റൊരു പിളര്‍പ്പുണ്ടാകുകയും, സഭയിലെ ഒരു വിഭാഗം വിശ്വാസികള്‍ യുറോപ്പിയന്‍ മിഷണറിമാരുടെ സ്വാതീനത്തിലും പ്രലോഭനത്തില്‍ വീഴുകയും ചെയ്തു. വീണ്ടു 20-ആം നൂറ്റാണ്ടില്‍ പ്രാദേശിക വാദം ഉയര്‍ത്തി പിടിച്ചു കൊണ്ടു, സഭക്ക് ആകെ നാണക്കേടുണ്ടാക്കി ഒരു വിഭാഗം വിശ്വാസികള്‍ സ്വതന്ത്ര സഭ എന്ന് പറഞ്ഞു വിഭാഗീയ പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിക്കുകയും, സഭയില്‍ മറ്റൊരു പിളര്‍പ്പുണ്ടാക്കുകയും ചെയ്തു. ഇത്രയും പ്രശ്നങ്ങളുടെയും, കലുഷിതമായ അന്തരീക്ഷത്തിലും ദൈവ കൃപയാല്‍ ഇന്ത്യയിലെ അതി പുരാതനമായ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭ (മലങ്കരയില്‍ യാക്കോബായ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭ എന്നും പറയുന്നു) പിതാക്കന്മാര്‍ പഠിപ്പിച്ച അതിന്‍റെ വിശ്വാസ തീക്ഷണതയും വ്യക്തിത്വവും നില നിര്‍ത്തി പോരുന്നു.
ക്രിസ്തു മതം സ്വീകരിച്ച യഹൂദന്മാരും, അന്യ മതസ്ഥരായ പ്രദേശ വാസികളും ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ അല്ലെങ്കില്‍ നസ്രാണികള്‍ (നസ്രായനായ യേശു ക്രിസ്തുവിനെ ) എന്നറിയപ്പെട്ടു. AD 190-ല്‍ അലക്സന്ദ്രിയന്‍ വേദ ശാസ്ത്ര പണ്ഡിതനായിരുന്ന പന്തേനോസ് മലങ്കരയിലെ ക്രിസ്ത്യാനികളുടെ ക്ഷണപ്രകാരം ഇവിടെ വരികയും, അദ്ദേഹം അത് രേഖപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. മൂന്നാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ചരിത്രകാരനായ യൌസേബിയോസ് ഇത് തെറ്റെന്നു പറയുകയും, പന്തേനോസ് ഇന്ത്യന്‍ ഉപ-ഭൂഖണ്ഡം ഉള്‍പ്പെടുന്ന ഗ്രേറ്റര്‍ ഇന്ത്യയില്‍ പെട്ട അറബി നാടുകളില്‍ ആണ് ചെന്നതെന്നും പറയുന്നു. ഇതൊക്കെ തന്നെ ആയാലും, പൊതു വിശ്വാസം അനുസരിച്ച് ഒന്നാം നൂറ്റാണ്ടിന്‍റെ രണ്ടാം പകുതിയില്‍ തന്നെ കേരളത്തില്‍ മാര്‍ തോമാ ശ്ലീഹാ വരികയും സുവിശേഷം അറിയിക്കുകയും, തല്‍ഫലമായി ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ ഉണ്ടാവുകയും ചെയ്തു.
വി. തോമസ്‌ ശ്ലീഹ സ്ഥാപിച്ച ക്രൈസ്തവ സഭ കാല ക്രമത്തില്‍ ശോഷിക്കുകയും, വിശ്വാസികള്‍ പീടനങ്ങളും എതിര്‍പ്പുകളും നേരിടേണ്ടി വന്നു. സുന്നഹദോസു മുഖണ്ടിരമുള്ള സ്ലൈഹീക പിന്തുണയുടെ അഭാവം ആയിരുന്നു ഇതിനുള്ള മുഖ്യമായ കാരണം. ആദ്യ മൂന്നു നൂറ്റാണ്ടുകളില്‍ മലങ്കരയിലെ നശ്രനികള്‍ക്ക് വൈദീകരുടെ അഭാവം ഉണ്ടായിരുന്നു, തന്മൂലം അവര്‍ ഇടയന്‍ ഇല്ലാത്ത ആട്ടിന്‍ കൂട്ടം പോലെ ആയിത്തീര്‍ന്നു.
ആദ്യ മൂന്നു നൂറ്റാണ്ടുകളില്‍ ജൂതന്മാര്‍ക്കിടയിലും മധ്യ പൂര്‍വേഷ്യന്‍ രാജ്യങ്ങളിലും വളരെ സ്വാധീനം ഉണ്ടായിരുന്ന സഭക്ക് മേല്‍ റോമാ സാമ്രാജ്യത്തിന്‍റെ പീഡനങ്ങള്‍ ഉണ്ടായി. അനേകം ക്രൈസ്തവ പുരോഹിതന്മാരെ റോമന്‍ ഭരണകൂടം കൊല്ലുകയും, വിശ്വാസികള്‍ക്ക് മേല്‍ കടുത്ത പീഡന മുറകള്‍ ഉപയോഗിക്കുകയ്യും ചെയ്തു. നാലാം നൂറ്റാണ്ടിന്‍റെ ആരംഭത്തില്‍ റോമന്‍ ചക്രവര്‍ത്തിയായിരുന്ന കുസ്തന്തീനോസ് ക്രിസ്തു മതം സ്വീകരിച്ചതോട് കൂടി ക്രിസ്തു മതം റോമാ സാമ്രാജ്യത്തിന്‍റെ ഔദ്യോഗിക മതമായി മാറി.
AD 325-ല്‍ ലോകത്തിലുള്ള ക്രൈസ്തവ പിതാക്കന്മാരുടെ അഭ്യര്‍ത്ഥന പ്രകാരം കുസ്തന്തീനോസ് ചക്രവര്‍ത്തി നിഖ്യായില്‍ വച്ച് ഒരു സുന്നഹദോസ് വിളിച്ചു ചേര്‍ത്തു. നിഖ്യാ സുന്നഹദോസിലെ തീരുമാന പ്രകാരം, ലോക ക്രൈസ്തവ സമൂഹത്തെ ഭരണ സൌകര്യാര്‍ത്ഥം മൂന്ന് പാത്രീയര്‍കക്കേട്ടുകള്‍ക്ക് കീഴില്‍ ആക്കി തിരിച്ചു. അങ്ങനെ ലോക ക്രൈസ്തവ സമൂഹം അന്ത്യോഖ്യാ, അലക്സന്ദ്ര്യ, റോമാ എന്നെ മൂന്ന് പാത്രീയര്‍കക്കേട്ടുകള്‍ക്ക് കീഴില്‍ ആയി. ഇതിന്‍ പ്രകാരം ഇന്ത്യന്‍ ഉപ-ഭൂഖണ്ഡം ഉള്‍പ്പെട്ട കിഴക്കന്‍ ദേശം അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസിനു കീഴില്‍ നിലകൊണ്ടു.
ഇന്ത്യയിലെ വിശുദ്ധ സഭയെ പ്രതിനിധീകരിച്ചു യൂഹാനോന്‍ എന്നാ ഒരു പേര്‍ഷ്യന്‍ മെത്രാന്‍ നിഖ്യാ സുന്നഹദോസില്‍ പങ്കെടുത്തതായി ചരിത്രം രേഖപ്പെടുത്തുന്നു. ചില താല്‍പര കക്ഷികള്‍ ഇത് തെറ്റാണെന്ന് സമര്‍ഥിക്കാന്‍ ശ്രമിക്കുന്നു.
പേര്‍ഷ്യന്‍ സാമ്രാജ്യത്തിന്‍ കീഴില്‍ ആയിരുന്ന ക്രൈസ്തവ സഭ ആദ്യം മുതലേ അന്ത്യോഖ്യയില്‍ പാത്രീയര്‍ക്കേറ്റിനു കീഴില്‍ ആയിരുന്നെങ്കില്‍, കാല ക്രമത്തില്‍, സഭ മക്കള്ക്ക് അന്ത്യോഖ്യയിലേക്ക് പോകുന്നതിനും സ്ലൈഹീകമായ കൈവെപ്പും പട്ടവും ലഭിക്കുന്നത്തിനും ബുദ്ധിമുട്ട് അനുഭവിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. ഭൂമി ശാസ്ത്രപരമായ പ്രശ്നങ്ങള്‍ ആണ് ഇതിനു പ്രധാന കാരണമായി ഭവിച്ചത്. ഇക്കാരണത്താല്‍ ആണ് പേര്‍ഷ്യന്‍ സാമ്രാജ്യത്തില്‍ പെട്ട കിഴക്കന്‍ ഭദ്രാസനങ്ങളെ മേയിച്ചു ഭരിക്കുന്നത്തിനു വേണ്ടി അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവാ കാതോലിക്കാ എന്ന സ്ഥാനത്തു ഒരു മേത്രാപോലീത്തായെ അവരോധിച്ചത്. AD 381-ല്‍ കുസ്തന്തിനോപോലീസില്‍ വച്ച് കൂടിയ രണ്ടാം പൊതു സുന്നഹദോസ് സെലുഷ്യയിലെ (ടൈഗ്രിസ്‌) മെത്രാപ്പോലീത്താ (കാതോലിക്കാ) അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസിനു കീഴില്‍ ആണെന്നു ഉറപ്പിച്ചു തീരുമാനിച്ചു.
കാലക്രമത്തില്‍ ടൈഗ്രിസിലെ മെത്രാപോലീത്താ നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസം സ്വീകരിക്കുകയും, അന്ത്യോഖ്ഹ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസിന്‍റെ അധികാരം തല്ലി പറയുകയും സ്വാതന്ത്ര്യം പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു. അങ്ങനെ ആയിരിക്കുമ്പോള്‍ തന്നെ, അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി സഭയുടെ തലവനായ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസിനു കീഴില്‍ മഫ്രിയാനോ കിഴക്കിന്‍റെ കാതോലിക്കാ ആയി പേര്‍ഷ്യന്‍ സാമ്രാജ്യത്തില്‍ പെട്ട സഭയെ മേയിച്ചു ഭരിക്കുകയും ചെയ്തു കൊണ്ടിരുന്നു. അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ നിര്‍ദേശ പ്രകാരം ഭാരതത്തിലെ സുറിയാനി സഭയെ കിഴക്കിന്‍റെ മഫ്രിയാനോ അല്ലെങ്കില്‍ കാതോലിക്കാ പരിപാലിച്ചു പോന്നു.
ഒന്നാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ മാര്‍ തോമാ സ്ലീഹായാല്‍ സ്ഥാപിതമായ മലങ്കരയിലെ സഭ കാല ക്രമത്തില്‍ ശോഷിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. മാര്‍ തോമയാല്‍ പട്ടം ഏറ്റ വൈദീകര്‍ പിന്‍തുടര്‍ച്ച ഉണ്ടാകതിരുന്നതാണ് ഇതിന്‍റെ മുഖ്യ കാരണം. ഈ സമയത്താണ് എഡേസയിലെ മെത്രാന്‍ ആയിരുന്ന മോര്‍ യൌസേപ്പിന് മലങ്കരയിലെ ഈ അവസ്ഥയെ കുറിച്ച് ദര്‍ശനം ഉണ്ടാകുന്നത്തും, യെരുസലേം പാത്രീയര്‍ക്കീസുമായി (യെരുസലേം നഗരിയുടെ പ്രാധാന്യം കണക്കിലെടുത്താണ് അവിടുത്തെ മെത്രാനെ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് എന്ന് വിളിക്കുന്നത്‌. യെരുസലെമിലെ മെത്രാപോലീത്ത ക്രൈസ്തവ സമൂഹത്തിന്റെ അഞ്ചാം പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയാണ് കണക്കാക്കപ്പെടുന്നത്, അദ്ദേഹം അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയ്ക്ക് കീഴിലാണെന്ന് പൊതു സുന്നഹദോസുകള്‍ ഉറപ്പിച്ചു പറയുന്നു ) കൂടിയാലോചിക്കുന്നതും. യെരുസലേം പാത്രീയര്‍ക്കീസ് കാനായിലെ തോമായെ മലങ്കരയിലെ (മലബാറിലെ) സ്ഥിതി വിശേഷം അറിയുന്നതിന് വേണ്ടി ചുമതലപ്പെടുത്തുകയും, അദ്ദേഹം (കാനായിലെ തോമാ) മലബാര്‍ തീരത്തെത്തുകയും, ഇവിടെ കണ്ട ക്രൈസ്തവരില്‍ നിന്നും മലങ്കര സഭയുടെ അവസ്ഥ മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്തു. തിരികെ ചെന്ന തോമാ യെരുസലെമിലെ മേത്രാപോലീത്തയെ ഈ വിവരങ്ങള്‍ അറിയിക്കുകയും ചെയ്തു.
അന്ത്യോഖ്യയുടെയും കിഴക്കൊക്കെയുടെയും പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ കീഴില്‍ കൂടിയ സുന്നഹദോസ് മലങ്കരയിലേക്ക് അടിയന്തിരമായി ഒരു പ്രതിനിധി സംഗത്തെ അയക്കാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയും, അതിന്‍ പ്രകാരം AD 345-ല്‍ 72 കുടുംബങ്ങളില്‍ നിന്നായി 400 ആളുകള്‍ (സ്ത്രീകളും കുട്ടികളും ഉള്‍പ്പെടെ) മലങ്കരയിലേക്ക് തിരിക്കുകയും ചെയ്തു. വ്യാപാരിയായ കാനായിലെ തോമായുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ കൊടുങ്ങല്ലൂരില്‍ എത്തിയ സംഗത്തില്‍ എഡേസായിലെ മെത്രാനായിരുന്ന മോര്‍ യൗസേപ്പും വികാരിമാരും ശേമ്മഷന്മാരും ഉണ്ടായിരുന്നു.
കാനാന്‍ ദേശത്തെ (ഇസ്രയേല്‍) യഹൂദ ക്രിസ്ത്യാനികളായ, എഡേസായില്‍ നിന്നെത്തിയ സുറിയാനിക്കാര്‍, ആ കാലഖട്ടത്തിലെ പ്രദേശത്തെ ഭരണ കര്‍ത്താക്കള്‍ ആയിരുന്ന പെരുമാള്‍മാരുടെ അനുവാദത്തോടെ കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്‍റെ രാജ വീഥിക്ക്‌ തെക്ക് ഭാഗത്ത്‌ കുടിയേറി താമസിച്ചു. ഇവര്‍ ക്നാനയക്കാര്‍ എന്നും തെക്കും ഭാഗക്കാര്‍ എന്നും അറിയപ്പെട്ടു.
മാര്‍ തോമായാല്‍ ക്രിസ്തു മതം സ്വീകരിച്ച പ്രദേശ വാസികള്‍ (മാര്‍ തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികള്‍) രാജ വീഥിക്ക്‌ കിഴക്ക് വശം പാര്‍ത്തിരുന്നു. ഇവരെ വടക്കും ഭാഗക്കാര്‍ എന്നും പറഞ്ഞു പോന്നു.
കിഴക്കന്‍ പ്രദേശങ്ങളില്‍ അധികാരം ഉണ്ടായിരുന്ന അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ നിര്‍ദേശാനുസരണം കാനയക്കാരായ സുറിയാനിക്കാരുടെ കുടിയേറ്റം നിമിത്തം , കേരളത്തിലെ മുഴുവന്‍ ക്രൈസ്തവ വിശ്വാസികളും സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ എന്ന് അറിയപ്പെടാന്‍ തുടങ്ങി. അന്ന് മുതല്‍ സുറിയാനി സഭയുടെ ചിട്ടകളും ക്രമങ്ങളും മലങ്കര സഭയിലുപയോഗിക്കാന്‍ തുടങ്ങി.
AD 394-ല്‍ മാര്‍ തോമാ ശ്ലീഹായുടെ തിരുശേഷിപ്പ് എഡേസായിലേക്ക് അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ കല്‍പ്പന പ്രകാരം മാറ്റപ്പെട്ടു എന്ന് ചരിത്രത്തില്‍ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. ഒരു പള്ളി പണിതു തിരുശേഷിപ്പ് സ്ഥാപിച്ചതിന്‍റെ ഓര്‍മ്മയില്‍ ജൂലൈ മൂന്നാം തിയതി ക്രൈസ്തവ സഭയില്‍ സെന്റ്‌ തോമസ്‌ ദിനം ആഘോഷിക്കുന്നു.
മലങ്കരയില്‍ കിഴക്കിന്‍റെ അസ്സീറിയന്‍ സഭയുടെ (നെസ്തോറിയന്‍) സാന്നിധ്യവും ഇടപെടലുകളും 15-ആം നൂറ്റാണ്ടിനു മുന്‍പ് തുടങ്ങി ഉണ്ടെന്നു ചില വാദിക്കുന്നു. 4-ആം നൂറ്റാണ്ടില്‍ തന്നെ നെസ്തോറിയന്‍ സഭ ഇവിടെ ഉണ്ടെന്നും ചിലര്‍ വാദിക്കുന്നു. പക്ഷെ കിഴക്കിന്‍റെ അസ്സീറിയന്‍ സഭയില്‍ നെസ്തോറിയന്‍ വേദ വിപീതത്തിന്‍റെ ആവിര്‍ഭാവം അഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടിന്‍റെ അവസ്നാതോടെ ആണ്. അതിനും ഏറെ കാലത്തിനു ശേഷമാണ് അസ്സീറിയന്‍ സഭയുടെ വേരുകള്‍ പേര്‍ഷ്യന്‍ സാമ്രാജ്യത്തിനു പുറത്തേക്ക് വ്യാപിക്കാന്‍ തുടങ്ങിയത്. അത് കൊണ്ട് തന്നെ, മലങ്കരയില്‍ അഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടിനു മുന്‍പ് നെസ്തോറിയന്‍ വേദ വിപരീതികളുടെ സാന്നിധ്യം ഇല്ലായിരുന്നു എന്ന് ഉറപ്പിച്ചു പറയാന്‍ സാധിക്കും.
കോട്ടയത്തുള്ള ക്നാനായ വലിയ പള്ളിയിലുള്ള 7-ആം നൂറ്റാണ്ടിലെ പേര്‍ഷ്യന്‍ കുരിശു ആദിമ കാലം മുതലേ നെസ്തോറിയന്‍ വേദ വിപരീതികള്‍ മലങ്കരയില്‍ ഉണ്ദൈരുന്നതിന്റെ തെളിവാണെന്ന് ചിലര്‍ വാദിക്കുന്നു. പക്ഷെ ഈ പറഞ്ഞ കുരിശിലെ ലിഖിതങ്ങള്‍ ആയ“Extrangela Syriac”-ഉം ഫല്വിയും അനുസരിച്ച് ഇതിന്‍റെ നിര്‍മ്മാണം പെര്‍ഷ്യാക്കാരും യാക്കോബായ സുറിയാനിക്കാരും ചേര്‍ന്നാണെന്ന് മനസ്സിലാക്കാം. ഇന്ത്യയിലെ പുരാവസ്തു ഗവേഷണ കേന്ദ്രത്തിന്‍റെ മുന്‍ തലവനായിരുന്ന ഡോ.ബര്‍ണ്ണല്‍ ഈ കുരിശിലെ ഫല്‍വിയിലുള്ള ലിഖിതം വ്യാഖ്യാനിക്കുകയും ചെയ്തു. അത് ഇപ്രകാരം ആണ്:- "In punishment by the cross (was) the suffering on this one; He who is true God and God above, and Guide ever Pure."
നെസ്തോറിയന്‍ വേദ വിപരീതികളുടെ അടിസ്ഥാന വിശ്വാസമായ “ദൈവം കുരിശില്‍ മരിച്ചിട്ടില്ല, യേശു എന്ന മനുഷ്യന്‍ മാത്രമാണ് കുരിശില്‍ തറക്കപ്പെട്ടത്” എന്നതിന്‍റെ നേര്‍ വിപരീതം ആണ് ഈ ലിഖിതങ്ങള്‍. ആഹു കൂടാതെ പേര്‍ഷ്യയിലെ നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസികള്‍ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന ഭാഷയുമല്ല ഫല്‍വി. ക്രിസ്തീയതയില്‍ ഏതാണ്ട് ഇരുപതോളം തരത്തിലുള്ള കുരിശുകള്‍ പ്രചാരത്തിലുണ്ട്. വിശുദ്ധ അന്ത്രയോസിന്‍റെ കുരിശു അംഗളെയ അക്ഷര മാലയിലെ “X” പോലെയാണ്. പേര്‍ഷ്യന്‍ കുരിശുകള്‍ നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസികളും യാക്കോബായ സുറിയാനിക്കാരും ഉപയോഗിച്ചിരുന്നു. ഇത്തരത്തില്‍ ഉള്ള ഏതാനും ക്രിശുകളുടെ ശേഖരം ബ്രിട്ടീഷ് മ്യുസിയത്തില്‍ ഉണ്ട്. ഇവയിലെല്ലാം തന്നെയുള്ള “Estrangeloyo” അക്ഷരങ്ങള്‍ യാക്കോബായ സുറിയാനിക്കാര്‍ എഴുതിയതുമാണ്‌.
ഒന്‍പതാം നോട്ടണ്ടിന്‍റെ ആരംഭത്തില്‍ ഒരു പട്ടം സിറിയന്‍ കുടിയേറ്റക്കാരുടെ കൂടെ സുറിയാനി പീതാക്കന്മാരായ മോര്‍ സാബോര്‍, മോര്‍ അഫ്രോത്ത് എന്നിവര്‍ കൊല്ലത്ത് എത്തി. പ്രാദേശിക ഭരണാധികാരികള്‍ അവര്‍ക്ക് അനേകം അധികാര-അവകാശങ്ങള്‍ നല്‍കി ബഹുമാനിച്ചു. ഈ പിതാക്കന്മാരുടെ വിശുദ്ധിയും സ്രെഷ്ഠതയും, അവരുടെ നാമത്തിലുള്ള പള്ളികളുടെ എണ്ണത്തില്‍ നിന്നും മനസ്സിലാക്കാം. ഇതിന്‍റെ രേഖകള്‍ ഉദയംപേരൂര്‍ സുന്നഹദോസ് തീരുമാനങ്ങളില്‍ ചേര്‍ത്തിട്ടുണ്ട്. കൊല്ല വര്‍ഷം AD 825-ല്‍ ഈ പിതാക്കന്മാര്‍ കൊല്ലത്ത് താമസമാക്കി എന്നാണ് വിശ്വാസം.
റോമന്‍ പറങ്കികളുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ നടന്ന ഉദയംപേരൂര്‍ സുന്നഹദോസ് ഈ പിതാക്കന്മാരെ നെസ്തോറിയന്‍ വേദ വിപരീതികള്‍ എന്ന് മുദ്ര കുത്തി. മനസ്സിലാക്കേണ്ട കാര്യം എന്താണെന്നു വച്ചാല്‍, ഈ പിതാക്കന്മാരെ നെസ്തോരിയ്യാന്‍ വിശ്വാസികള്‍ അവരില്‍ ഒരാലായിട്ടു കൂട്ടുന്നില്ല. നെസ്തോറിയന്‍ അസ്സീമണി തന്നിരിക്കുന്ന രേഖകള്‍ അനുസരിച്ച്, വിദേശത്തേക്ക് അയക്കപ്പെട്ട നെസ്തോറിയന്‍ പിതാക്കന്മാരില്‍ മോര്‍ സാബോര്‍, മോര്‍ അഫ്രോത്ത് എന്നീ പേരുകള്‍ ഇല്ല.
റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ ചരിത്രകാരനായ ഫാ.പ്ലേസിഡും, മി. എം.വി.പോളും ഈ പിതാക്കന്മാരെ നെസ്തോറിയന്‍ പിതാക്കന്മാരയിട്ടു കൂട്ടുന്നില്ല. നെസ്തോറിയന്‍ സഭ ഇവരെ അവരുടെ പിതാക്കന്മാരാണെന്ന് അംഗീകരിച്ചിട്ടില്ല, മാത്രമല്ല റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ സഭ അവരെ തള്ളി പറയുകയും നിരാകരിക്കുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭ മാത്രമാണ് ഈ പിതാക്കന്മാരെ ഓര്‍ക്കുകയും, എല്ലാ വര്‍ഷവും ഒക്ടോബര്‍ 2-ആം തിയതി അങ്ങമാളി ഭദ്രാസനത്തില്‍ പെട്ട അകപ്പറമ്പ്‌ പള്ളിയില്‍ ഈ വിശുദ്ധരുടെ ഓര്‍മ്മ ഒന്ടടുകയും ചെയ്യുന്നു.
പത്താം നൂറ്റാണ്ടിലും പതിനൊന്നാം നൂറ്റാണ്ടിലും മലങ്കര സഭ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ അധികാര സീമക്കുള്ളില്‍ ആയിരുന്നു. ട്രാവന്‍കൂര്‍ സ്റ്റേറ്റ് മാനുവലിലും പ്രോട്ടസ്റ്റന്റ് ചരിത്രകാരനായ ഹഫും ഇക്കാര്യം രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ സഭ അവരുടെ ചരിത്രം പവിത്രീകരിക്കാന്‍ വേണ്ടി ചെയ്യുന്ന പ്രചാരണ തന്ത്രത്തില്‍ വീണു പോയ ചിലര്‍ മലങ്കര സഭയുടെ പുതു ചരിത്രം (മലങ്കര സഭക്ക് 17-ആം നൂറ്റാണ്ട് വരെ പേര്‍ഷ്യന്‍ നെസ്തോറിയന്‍ സഭയുമായി മാത്രമേ ബന്ധം ഉണ്ടായുള്ളൂ.) രചിക്കാന്‍ ശ്രമിക്കുന്നു. പക്ഷേ സാഹചര്യ തെളിവുകളുടെയും ചരിത്ര രേഖകളുടെയും അടിസ്ഥാനത്തില്‍ ഈ പ്രചരണം തെറ്റാണെന്ന് മനസ്സിലാകും.
പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ മലങ്കര സഭക്ക് അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തഡോക്‍സ്‌ സഭയുമായി അനിഷേധ്യ ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നുള്ളതിന്‍റെ ചരിത്ര രേഖകള്‍ കാംബ്രിഡ്ജ് സര്‍വകലാശാലയില്‍ സൂക്ഷിച്ചിട്ടുണ്ട്. പരി. മിഖായേല്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസിന്‍റെ (1199) കാലത്ത്എസ്ട്രാന്‍ജലോയോ ലിഖിതത്തില്‍ എഴുതിയിരിക്കുന്ന ഒരു വിശുദ്ധ ഗ്രന്ഥം ആണ് ഇത്. പതിമൂന്നാം നൂറ്റാണ്ട് മുതല്‍ മലങ്കരയില്‍ ഉണ്ടായിരുന്ന ഈ വിശുദ്ധ ഗ്രന്ഥം, 1807-ല്‍ ഇവിടെ എത്തിയ പ്രോട്ടസ്ടന്റ്റ് മിഷണറി ആയിരുന്ന ഡോ. ക്ലോഡിയസ് ബുക്കാനന് മലങ്കര മെത്രാപൊലീത്ത ആയിരുന്ന മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് ഉപഹാരം ആയി നല്‍കി. ഈ വേദ ഗ്രന്ഥത്തില്‍ വിശുദ്ധ ദൈവ മാതാവിന്‍റെ പെരുന്നാളുകള്‍ക്കും നോമ്പ് കാലത്ത് ശനിയാഴ്ചകളിലും വായിക്കേണ്ട വേദ ഭാഗങ്ങള്‍ ഉണ്ടായിരുന്നു ഈ ഉപഹാരത്തില്‍. അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരുന്ന മോര്‍ സേവേറിയോസിനെ കുറിച്ച് ഈ വിശുദ്ധ ഗ്രന്ഥത്തില്‍ പരാമര്‍ശിച്ചിട്ടുണ്ട്.
പതിമൂന്നും പതിനാലും നൂറ്റാണ്ടുകളില്‍ മലങ്കര സഭക്ക് അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തഡോക്‍സ്‌ സഭയുമായി അനിഷേധ്യ ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നതായി നമുക്ക് അനുമാനിക്കാം. പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ ജോണ്‍ മറിഞ്ഞോളി എന്നാ റോമന്‍ മെത്രാന്‍ കൊല്ലത്ത് എത്തി എന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. പക്ഷെ അദ്ദേഹത്തിന് മലങ്കര സഭയുമായി യാതൊരു തരത്തിലുമുള്ള ബന്ധം ഉള്ളതായി രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല. 1938-ല്‍ ജോണ്‍ ഇരുപത്തിരണ്ടാമന്‍ പാപ്പാ ഫ്രയര്‍ ജോര്‍ദാനൂസിനെ കൊല്ലം മെത്രാനായി വാഴിക്കുകയും, ഇന്ത്യയിലേക്ക്‌ അയക്കുകയും ചെയ്തു. പക്ഷെ അദ്ദേഹം ഇന്ത്യയില്‍ എത്തിയെന്നു വിശ്വസിക്കാന്‍ തക്കതായ രേഖകളില്ല. നെസ്തോറിയന്‍ സഭ മോര്‍ സേവേറിയോസിനെ അംഗീകരിക്കുന്നില്ല, മാത്രമല്ല, വിശുദ്ധ കന്യക മറിയാമിനെ അവര്‍ ദൈവമാതാവെന്നും സംബോധന ചെയ്യുന്നില്ല. മലങ്കര സഭ അത് കൊണ്ട് തന്നെ ഈ വിശുദ്ധ ഗ്രന്ഥം നെസ്തോറിയന്‍ സഭയുടെതല്ല എന്ന് നമുക്ക് മനസ്സിലാക്കാം.
ലഭ്യമായിട്ടുള്ള ചരിത്ര രേഖകളുടെയും സാഹചര്യ തെളിവുകളുടെയും അടിസ്ഥാനത്തില്‍ നാലാം നൂറ്റാണ്ട് മുതല്‍ പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ട് വരെ മലങ്കര സഭ ആകമാന സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയുടെ ഭാഗമായിരുന്നു എന്ന് മനസ്സിലാക്കാം. സിറിയന്‍ കത്തോലിക്കാ സഭയിലെ ആര്‍ച്-ബിഷപ്‌ ആയിരുന്ന മാര്‍ ഇവാനീസ് (ഫാ. പി.റ്റി. വര്‍ഗീസ്‌) തന്‍റെ ലേഖനമായ “സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസികള്‍ ആയിരുന്നോ” (Were Syrian Christians- Nestorians) എന്ന തന്‍റെ വൈഞാനാനിക ലേഖനത്തില്‍ ഇപ്രകാരം രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു : "Thus from internal - external and circumstantial evidences, it is evident that the church in Kerala was nothing but Jacobite before the 15th century".
ഇന്ത്യന്‍ ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയിലെ (മെത്രാന്‍ കക്ഷി സഭ) കാലം ചെയ്ത പൌലോസ് മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ് (ref. Sheema Vartha, 1968 Oct) ഇപ്രകാരം പറയുന്നു :
"We in India belong to this Patriarchate even if we have our own Catholicose and are autonomous (not autocephalous). We have no other source from which to receive our ancient tradition - except the tradition of Antioch, of the great Syrian Church which once had spread through the length and breadth of Asia right up to China and Korea".
1498-ല്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസ് നാവികനായ വാസ്കോ ഡി ഗാമയുടെ വരവോടു കൂടിയാണ് മലങ്കരയില്‍ റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസം ആരംഭിക്കുന്നത്. കേരളത്തിന്‍റെ തീര പ്രദേശങ്ങളിലുള്ള ദരിദ്രരെയും ഗോവയില്‍ ഉള്ളവരെയും ആണ് ആദ്യം (ബലമായി) ലത്തീന്‍ കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസത്തിലേക്ക് കൊണ്ടുവന്നത്. പിന്നീട്, മലങ്കരയിലുള്ള സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളെയും അവര്‍ തങ്ങള്‍ക്കതീനര്‍ ആക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചു. ഇതിനു വേണ്ടി അപവിത്രവും നീച്ചവുമായ മാര്‍ഗ്ഗങ്ങളും അവര്‍ ഉപയോഗിച്ചിരുന്നു.
1599 ജൂണ്‍ 20-ന് റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ മെത്രാന്‍ ആയിരുന്ന മേനെസിസ് പ്രാദേശിക ഭരണാകര്‍ത്താക്കളുടെ സഹായത്തോടെ ഉദയംപേരൂര്‍ സുന്നഹദോസ് നടത്തുകയും, അതിനു ശേഷം മലങ്കരയിലെ സത്യ വിശ്വാസികളെ ബലമായി ലത്തീന്‍ വിശ്വാസത്തിലേക്ക് കൊണ്ട് വരന്‍ ശ്രമം തുടങ്ങി. അതിനു മുന്നോടിയായി സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളുടെ ആരാധനാ ക്രമങ്ങളും ചരിത്ര രേഖകളും കത്തിച്ചു കളയുകയും, പള്ളികള്‍ പിടിച്ചടക്കുകയും ചെയ്തു. ഭയവിഹ്വലരായ മലങ്കര മക്കള്ക്ക് റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ മെത്രാന്മാരുടെ നീചവും നിന്ദ്യവുമായ പ്രവര്‍ത്തികള്‍ക്ക് അടിമപ്പെടേണ്ടിയും വന്നു.
മലങ്കര സഭയെ നയിക്കാന്‍ അധികാര പെടുത്തിയിരുന്ന തോമാ അര്‍ക്കദിയാക്കോന്‍റെ നിരന്ദരം ആയ അഭ്യര്‍ത്ഥനയെ തുടര്‍ന്ന് അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കെറ്റില്‍ നിന്നും അഹത്തുള്ള പാത്രീയര്‍ക്കീസ് മലങ്കരയിലേക്ക് 1653-ല്‍ എഴുന്നുള്ളി വന്നു. സഭാ വിശ്വാസം അനുസരിച്ച് പറങ്കികള്‍ അദ്ധേഹത്തെ പിടി കൂടുകയും കഴുത്തില്‍ കല്ല്‌ കെട്ടി കടല്ളില്‍ താഴ്ത്തി. ഇത് മലങ്കരയിലെ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളെ കുപിതരാക്കി. ഏതാണ്ട് ഇരുപത്തയ്യായിരം വരുന്ന വിശ്വാസികള്‍ മട്ടാഞ്ചേരിയില്‍ ഒത്തു കൂടുകയും, പ്രസിദ്ധമായ കൂനന്‍ കുരിശു സത്യം നടത്തുകയും ചെയ്തു. 1653-ല്‍ നടന്ന ഈ മഹാ സംഭവം പറയുന്നത് ഇതാണ്
"ഞങ്ങളും ഞങ്ങളുടെ സന്തതി പരമ്പരകളും ഭൂമിയിൽ ഉള്ളിടത്തോളം കാലം അന്ത്യോഖ്യാ സിംഹാസനത്തെ ഞങ്ങളുടെ കണ്ണിലെ കൃഷ്ണമണി പോലെ പരിപാലിക്കും."
1665-ല്‍ മലങ്കരയില്‍ നിന്നും അത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസിനു മുന്‍പില്‍ സഹായം അഭ്യര്‍ഥിച്ചു കൊണ്ട് അപേക്ഷ അയക്കുകയും, അതിനു മറുപടിയെന്നോണം യെരുസലേം പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയ മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ് (വടക്കന്‍ പറവൂര്‍ പള്ളിയില്‍ കബര്‍ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന അബ്ദുല്‍ ജലീല്‍ മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ്) മലങ്കരയിലേക്ക് എഴുന്നുള്ളി വന്നു. ഏതാണ്ട് 150 വര്‍ഷത്തോളം കണ്ണി മുറിഞ്ഞിരുന്ന അന്ത്യോഖ്യാ-മലങ്കര ബന്ധം മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ് ബാവ പുനസ്ഥാപിക്കുകയും, ഒന്നാം മാര്‍ തോമായുടെ അധികാരത്തോടെ അര്‍ക്കദിയാക്കോനെ മെത്രാന്‍ ആയി വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു.
പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ട് മുതല്‍ റോമാ സാമ്രാജ്യത്തിന്‍റെയും മറ്റു പലരുടെയും അതിക്രമവും, അധികാര കടന്നു കയറ്റവും, സഭയിലെ തന്നെ ആഭ്യന്തര പ്രശ്നങ്ങളും നിമിത്തം അന്ത്യോഖ്യായിലെ സുറിയാനി സഭ ക്ഷയിക്കുവാന്‍ തുടങ്ങി. പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടോടു കൂടി അന്ത്യോഖ്യായിലെ മാതൃ സഭയും മലങ്കര സഭയും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം അശ്ശേഷം നിന്ന്പോയി എന്ന് അനുമാനിക്കാം. യാക്കോബായ സഭയുടെയും നെസ്തോറിയന്‍ സഭയുടെയും ചിട്ടകളും ക്രമങ്ങളും ഏതാണ്ട് ഒരു പോലെ തന്നെ ആയിരുന്നു എന്നതും ആദ്യം പറഞ്ഞ മുറിഞ്ഞു പോയ അന്ത്യോഖ്യാ-മലങ്കര ബന്ധവും ആണു നെസ്തോറിയന്‍ മെത്രാന്മാര്‍ മലങ്കരയില്‍ വന്നപ്പോള്‍ അവരെ ഇവിടെ ഉള്ള യാക്കോബായ വിശ്വാസികള്‍ സന്തോഷത്തോടു കൂടി സ്വീകരിക്കാന്‍ കാരണം.
1490 കാലഖട്ടത്തില്‍ മലങ്കരയിലേക്ക് വന്ന നെസ്തോറിയന്‍ മെത്രാന്‍ നെസ്തോറിയന്‍ കാതോലിക്കാ-പാത്രീയര്‍ക്കീസിന് എഴുതിയതിന്‍പ്രകാരം, മലങ്കരയില്‍ എത്തിയ അദ്ദേഹത്തിന് ഇവിടെ നിന്നും ഊഷ്മള വരവേല്‍പ്പ് ലഭിക്കുകയും, ഏതാണ്ട് മുപ്പതിനായിരത്തോളം ക്രൈസ്തവ കുടുംബങ്ങള്‍ മലബാര്‍ എന്നാ പ്രദേശത്ത് ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നും ആണ്. ആ അവസരത്തില്‍ നെസ്തോറിയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസിനു മലനകരയെ കുറിച്ച് വലിയ ഗ്രാഹ്യം ഉണ്ടായിരുന്നില്ല എന്നും, 1490-ന് മുന്‍പ് മലങ്കര സഭ നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസത്തിനു കീഴില്‍ ആയിരുന്നില്ല എന്ന് മനസ്സിലാക്കാം.
AD 1490 മുതല്‍ 1599 വരെ മലങ്കര സഭക്ക് പേര്‍ഷ്യയിലെ നെസ്തോറിയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസില്‍ നിന്നാണ് മേത്രപോലീത്താമാരെ ലഭിച്ചു കൊണ്ടിരുന്നത്. എന്നിരുന്നാലും, മലങ്കര സഭ മുഴുവനായും നെസ്തോറിയന്‍ വിശ്വാസം സ്വീകരിച്ചു എന്ന് പറയാന്‍ കഴിയില്ല. പടിഞ്ഞാറന്‍ സുറിയാനി സഭയിലെ വിശുദ്ധ പിതാവായ ദിയസ്കോറോസിനെ കുറിച്ചും കല്‍ദായ സുറിയാനിയോടൊപ്പം പടിഞ്ഞാറന്‍ സുറിയാനിയും ഉപയോഗത്തില്‍ ഇരുന്നു എന്ന് ഉദയംപേരൂര്‍ സുന്നഹദോസ് തീരുമാനങ്ങളില്‍ രേഖപ്പെടുത്തിട്ടുണ്ട് എന്നതും, യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ മാമോദീസ ക്രമങ്ങള്‍ ആണ് പ്രചാരത്തില്‍ ഉണ്ടായിരുന്നതെന്നും ഉള്ളതാണ് ഇതിനെ പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ചരിത്ര രേഖകലള്‍. ഇങ്ങനെയൊക്കെ ആണെങ്കിലും, മലങ്കരയിലെ സത്യ വിശ്വാസികളെ റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ സഭക്ക് അധീനപ്പെടുത്താന്‍ ശ്രമിച്ച ഉദയംപേരൂര്‍ സുന്നഹദോസ് നടന്ന AD 1490 മുതല്‍ 1599 കാലഖട്ടത്തില്‍ മലങ്കര സഭ നെസ്തോറിയന്‍ സഭക്ക് കീഴില്‍ ആയിരുന്നു എന്ന് കരുതാം.
ആറാം മാര്‍ തോമയായ മോര്‍ ദിവാന്നാസ്യോസ് ഒന്നാമന്‍റെ കാലത്ത്, അദ്ധേഹത്തെ തന്നെ അവരോധിച്ച മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ് ഡിസംബര്‍ 1772-ല്‍ മട്ടാഞ്ചേരിയില്‍ വച്ച് കാട്ടുമങ്ങാട്ട് അബ്രഹാം റമ്പാനെ മോര്‍ കൂറീലോസ് എന്നാ സ്ഥാനപ്പേരില്‍ മെത്രാന്‍ ആയുയര്‍ത്തി. ഈ സ്ഥാനാരോഹണത്തില്‍ അതൃപ്തരായ മോര്‍ ദിവാന്നാസ്യോസ് ഒന്നാമനും മോര്‍ ഈവനിയോസും (മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസിന്‍റെ ഒപ്പം ഉണ്ടായിരുന്ന രണ്ടാമത്തെ പാത്രീയര്‍ക്കാ പ്രതിനിധി) അവരുടെ അഭിപ്രായ ഭിന്നത വെളിപ്പെടുത്തി. കൊച്ചിയിലെയും തിരുവിതാംകൂറിലെയും രാജാക്കന്മാര്‍ കാട്ടുമങ്ങാട്ടെ മോര്‍ കൂറീലോസിനു എതിരാവുകയും, ത്തന്മൂലം മോര്‍ കൂറീലോസിനു ബ്രിട്ടീഷ് മലബാറില്‍ പെട്ട തൊഴിയൂരിലേക്ക് (കുന്നംകുളത്തിന് സമീപം അഞ്ഞൂര്‍) മാറേണ്ടതായും വന്നു. അവിടെ വച്ച് അദ്ദേഹം 1774-ല്‍ തൊഴിയൂര്‍ സ്വതന്ത്ര സഭക്ക് രൂപം നല്‍കി.
ബ്രിട്ടീഷ് ഈസ്റ്റ്‌ ഇന്ത്യ കമ്പനിയുടെ ആരംഭത്തോടെ ബ്രിട്ടനില്‍ നിന്നുള്ള മിഷണറിമാര്‍ ഇന്ത്യയില്‍ അവരുടെ പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിച്ചു. നവീകരണ കാഴ്ച്ചപ്പാടുകള്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്തി മലങ്കരയിലെ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയെ നിയന്ത്രിക്കാനും ഉള്ള ശ്രമം ആരംഭിച്ചു. ബ്രിട്ടീഷ് ഭരണാധികാരികളുടെ ശക്തമായ ഇടപെടലുകള്‍ ഉണ്ടൈട്ടു കൂടി മലങ്കര സഭ പടിഞ്ഞാറന്‍ ആശയങ്ങള്‍ നിരാകരിക്കുകയും അന്ത്യോഖ്യായിലെ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയുടെ കീഴില്‍ ഉറച്ചു നില്‍ക്കുകയും ചെയ്തു. അതിനു ശേഷം മലങ്കര സഭയില്‍ മറ്റു ആഭ്യന്തര പ്രശ്നങ്ങള്‍ ഉടലെടുക്കാന്‍ തുടങ്ങി.
ഈ സമയത്താണ്, മലങ്കര സഭയിലെ പ്രമുഖനായിരുന്ന പാലക്കുന്നത്തു അബ്രാഹം മല്‍പ്പാന്‍ യുറോപ്പിയന്‍ മിഷണറിമാരുടെ പക്ഷം ചേരുകയും, പ്രോട്ടസ്റ്റന്റ്റ് വിശ്വാസത്തോട്‌ ചേര്‍ന്ന് നില്‍ക്കുന്ന തരത്തില്‍ മലങ്കര സഭയിലെ ചിട്ടകളിലും ക്രമങ്ങളിലും മാറ്റം വരുത്താന്‍ ശ്രമം തുടങ്ങി. അതിനൂ ശേഷം അദേഹത്തിന്‍റെ അനന്തിരവനും ശേമ്മാശനും ആയിരുന്ന മാത്യൂസ്, മലങ്കരയിലെ സുറിയാനി സഭയുടെ അനുമതി പത്രം ഉണ്ടെന്ന എന്നാ വ്യാജേനെ, അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് പാത്രീയര്‍ക്കെട്ടില്‍ ചെല്ലുകയും, അത്തനാസ്യോസ് എന്നാ പേരില്‍ മെത്രാന്‍ ആയി വാഴിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
മലങ്കരയിലെ സഭയെ മേയിച്ചു ഭരിക്കുന്നതിനായി മെത്രാന്മാരെ അയക്കണമെന്ന് യാക്കോബായ സഭയുടെ മെത്രാപൊലീത്ത ആയിരുന്ന മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് നാലാമന്‍ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസിനോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു കൊണ്ടിരുന്നു. 1825 മുതല്‍ ഇങ്ങനെ ആവശ്യപ്പെട്ടു കൊണ്ട് 11 അപേക്ഷകള്‍ അദ്ദേഹം അയച്ചതായി അദ്ദേഹം എഴുതുകയും, തന്മൂലം മലങ്കര സഭ ആത്മീയമായി ശോഷിക്കുകയും ചെയ്തു എന്നും, ഇനിയെങ്കിലും ഒരു മെത്രാനെ മലങ്കരയിലേക്ക് അയച്ചില്ലെങ്കില്‍, സഭയുടെ അവസ്ഥക്ക് കാരണം പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.
പക്ഷെ, മലങ്കരയില്‍ നിന്നുള്ളവരെ മെത്രാപ്പോലീത്ത ആക്കണം എന്നാ വാദ ഗതിക്കാരന്‍ ആയിരുന്നു പരി.പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവ. ഈ സമയത്താണ് പ്രോട്ടസ്റ്റന്റ്റ് കാഴ്ച്ചപ്പാടുണ്ടായിരുന്ന പാലക്കുന്നത്തെ മാത്യൂസ് ശേമ്മാച്ചന്‍ മലങ്കര സഭയുടെ അനുമതി പത്രത്തിന്‍റെ വ്യാജ രേഖ ഉണ്ടാക്കി പാത്രീയര്‍ക്കാ ആസ്ഥാനത് ചെല്ലുന്നതും, മോര്‍ അത്താനാസ്യോസ് എന്നാ നാമത്തില്‍ മെത്രാന്‍ സ്ഥാനം ലഭിക്കുന്നതും. പാലക്കുന്നത്തു മോര്‍ അത്താനാസ്യോസ് മലങ്കരയില്‍ തിരിച്ചെത്തിയതിനു ശേഷമാണു മലങ്കര അസ്സോസ്സിയേഷന്‍ ഭാരവാഹികള്‍ മോര്‍ അത്താനസ്യോസിന്‍റെ ഈ നീച്ച പ്രവര്‍ത്തി തിരിച്ചറിയുന്നതും, ഈ സ്ഥിതി വിശേഷത്തെ കുറിച്ച് പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയ്ക്ക് കത്തെഴുതുന്നതും.
വഞ്ചിക്കപ്പെട്ടു എന്ന് ബോധ്യപ്പെട്ട പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവാ ദുഖിതന്‍ ആകുകയും, യുയാക്കീം മോര്‍ കൂറീലോസിനെ മലങ്കരയിലേക്ക് അയക്കുകയും ചെയ്തു. യുയാക്കീം മോര്‍ കൂറീലോസിന്‍റെ ആഗമനത്തോടെ വളരെ പ്രായം ചെന്നിരുന്ന മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് നാലാമന്‍ മലങ്കരയുടെ ഭരണം അദ്ദേഹത്തിനു കൈമാറുകയും, പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ നിര്‍ദേശ പ്രകാരം പാലക്കുന്നത്ത് മോര്‍ അത്താനാസ്യോസിനെ സ്ഥാന ഭ്രുഷ്ടന്‍ ആക്കുകയും ചെയ്തു. പക്ഷെ, ബ്രിട്ടീഷ് അധികാരികളുടെ സഹായത്തോടെ കോട്ടയത്തും തെക്കന്‍ പ്രദേശങ്ങളിലുമുള്ള ഭൂരി ഭാഗം പള്ളികളും സ്വത്തുക്കളും കൈവശപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. അതെ സമയം തന്നെ കോട്ടയത്തിനു വടക്ക് ഭാഗത്തുള്ളവര്‍ക്ക് പ്രോട്ടസ്റ്റന്റ്റ് കടന്നു കയറ്റത്തിനെ നല്ല രീതിയില്‍ പ്രധിരോധിക്കാന്‍ കഴിയുകയും ചെയ്തു. അത് കൊണ്ട് തന്നെ കുന്നംകുളത്ത് ഒഴിച്ച് മറ്റു ഭാഗങ്ങളില്‍ പാലക്കുന്നത്തു മേത്രാനോ അദ്ധേഹത്തിന്‍റെ അനുയായികള്‍ക്കോ, യൂറോപ്പിയന്‍ മിഷനറിമാര്‍ക്കോ അവരുടെ സ്വാധീനം വളര്‍ത്താന്‍ കഴിഞ്ഞില്ല.
മലങ്കര സഭയുടെ പൂര്‍ണ ആശിര്‍വാദത്തോടെ വൈദീകനയിരുന്ന പുലിക്കോട്ടില്‍ ജോസഫ്, തുര്‍ക്കിയിലെ മര്‍ദ്ദീനില്‍ ഉള്ള പാത്രീയര്‍ക്കേട്ടില്‍ ചെല്ലുകയും, മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് ത്രിതിയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായാല്‍ (1847-1871) ജോസഫ് മാര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് എന്നാ പേരില്‍ മെത്രാപ്പോലീത്ത ആയി സ്ഥാനമേറ്റു. യുയാക്കീം മോര്‍ കൂറീലോസ് മേത്രാപോലീത്തയോടൊപ്പം ഉള്ള മടങ്ങി വരവില്‍ സ്ഥാന ഭ്രഷ്ടന്‍ ആക്കപ്പെട്ട പാലക്കുന്നത്തു മോര്‍ അത്താനസ്യോസിനെ തിരിച്ചെടുക്കാന്‍ വേണ്ട ക്രമീകരണങ്ങള്‍ ചെയ്യുകയും, അതില്‍ പരാജയപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
ഈ കാലഖട്ടത്തില്‍, 1872-ല്‍ ആണ് ഗീവര്‍ഗീസ് റമ്പാന്‍റെ (പരി. പരുമല തിരുമേനി) നേതൃത്വത്തില്‍ മലങ്കര സഭയില്‍ ഒരു മീറ്റിംഗ് നടത്തുകയും, സഭയെ ഈ പ്രശ്നങ്ങളില്‍ നിന്നും കര കയറ്റാന്‍ പരി. അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കീസിനോട് അടിയന്തിരമായി ഇടപെടാന്‍ അപേക്ഷിച്ചു. തല്‍ഫലമായി, 1875-ല്‍ പരി. പത്രോസ് തൃതീയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവ, പ്രായത്തിന്‍റെ ആകുലതകളെ അവഗണിച്ചു ഭാരതത്തിലേക്ക് വന്നു. ഭാരതത്തില്‍ എത്തുന്നതിനു മുന്‍പ്, അദ്ദേഹം ഇംഗ്ലണ്ടില്‍ ചെല്ലുകയും, ബ്രിട്ടീഷുകാരോട് ഇന്ത്യയിലെ സഭയുടെ ശോചനീയാവസ്ഥ ബോധ്യപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. തൃപ്തരായ ഇംഗ്ലണ്ടിലെ ബ്രിട്ടീഷ് അധികൃതര്‍ മലങ്കര സഭയിലെ ആഭ്യന്തര പ്രശ്നങ്ങളില്‍ ഇടപെടരുത് എന്ന് കേരളത്തിലെ ബ്രിട്ടീഷ് അധികാരികളെ ചട്ടപ്പെടുത്തി. മലങ്കരയില്‍ എത്തിയ പരിശുദ്ധ പിതാവ് മലങ്കരയിലെ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യനികളുമായി കൂടിയാലോചിക്കുകയും ആറു പുതിയ ഭദ്രാസനങ്ങളും, അതോടൊപ്പം മലങ്കര സഭയെ ശരിയായ രീതിയില്‍ ബാരിക്കുന്നതിനു വേണ്ടി മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി അസ്സോസ്സിയെഷനും ആരംഭിക്കാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. 1876 ആഗസ്റ്റ്‌ മാസം ചരിത്ര പ്രധാനമായ മുളന്തുരുത്തി സുന്നഹദോസ് കൂടുകയും, മലങ്കര സഭ പ്രധിനിധികള്‍ അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കീസിന്‍റെ തീരുമാനങ്ങളെ അംഗീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. റമ്പാനും പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ സെക്രെട്ടറിയും ആയിരുന്ന പരിശുദ്ധനായ പരുമല തിരുമേനിയുടെ സഹായത്തോടെ ആണ് മുളന്തുരുത്തി സുന്നഹദോസിന്‍റെ തീരുമാനങ്ങള്‍ രേഖപ്പെടുത്തിയത്. മുളന്തുരുത്തി സുന്നഹദോസില്‍ ആദിമ കാലം മുതല്‍ അന്ത്യോഖ്യാ സിംഹാസനത്തില്‍ നിന്ന് ചെയ്തു പോന്നിട്ടുള്ള സഹായങ്ങളെ പ്രകീര്‍ത്തിക്കുകയും, മലങ്കരയില്‍ സത്യാ വിശ്വാസം ഊട്ടി ഉറപ്പിക്കാന്‍ പരി. പിതാവിന്‍റെ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളെ പ്രകീര്‍ത്തിക്കുകയും, മുളന്തുരുത്തി പടിയോല അന്ഗീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. സുന്നഹദോസ് തീരുമാനം അനുസരിച്ചു പുലിക്കോട്ടില്‍ ജോസഫ് മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസിനെ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് അഞ്ചാമന്‍ എന്ന നാമത്തില്‍ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്ത ആയി വാഴിക്കുകയ്യും ചെയ്തു. പരിശുദ്ധ പത്രോസ് തൃതീയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവ തന്‍റെ സ്ലൈഹീക സന്ദര്‍ശനം അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിന് മുന്‍പായി ആദ്യമായി മലങ്കരയില്‍ വിശുദ്ധ മൂറോന്‍ കൂദാശ നടത്തുകയും, പരിശുദ്ധ പരുമല തിരുമേനി ഉള്‍പ്പെടെ ആറു പേരെ മെത്രാപ്പോലീത്ത സ്ഥാനത്തേക്ക് ഉയര്‍ത്തുകയും ചെയ്തു. അപ്പോഴാണ്, മലങ്കരയില്‍ ആദ്യമായി തദ്ദേശീയരായവര്‍ സഭയെ മേയിചു ഭരിക്കുന്നത് ആരംഭിച്ചത്. ഈ പരിശുദ്ധ പിതാവിനാല്‍ ആണ് മലങ്കരയിലെ സത്യ വിശ്വാസം ബാലപ്പെട്ടത്‌.
പ്രാദേശിക കോടതികളിലെ വ്യവഹാരങ്ങളില്‍ മലങ്കരയിലെ യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ ഭാഗം വിജയിക്കുകയും, മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് അഞ്ചാമന്‍ അന്ത്യോഖ്യയിലെ സുറിയാനി സഭയുടെ കീഴിലുള്ള മലങ്കര സഭയുടെ തലവന്‍ ആയി അന്ഗീകരിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
മലങ്കര സഭയില്‍ നിന്നും പുറത്താക്കപ്പെട്ട മാത്യൂസ് മോര്‍ അത്താനാസ്യോസും, തോമസ്‌ മാര്‍ അത്താനസ്യോസിന്റെയും നേതൃത്വത്തില്‍ പ്രോട്ടസ്റ്റന്റ്റ് കാഴ്ചപ്പാടുള്ള ഒരു പറ്റം വിശ്വാസികള്‍ സഭയില്‍ നിന്ന് പിരിഞ്ഞു പോകുന്നതിനും, മാര്‍ തോമാ സുറിയാനി സഭയുടെ ആരംഭത്തിനും ഇത് കാരണമായി ഭാവിച്ചു.
1902-ല്‍ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്ത ആയിരുന്ന പുലിക്കോട്ടില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസിന്‍റെ നേതൃത്വത്തില്‍ മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ പരിശുദ്ധ എപിസ്കൊപ്പല്‍ സുന്നഹദോസ് കൂടുകയും, കൊച്ചുപറമ്പില്‍ പൌലോസ് മോര്‍ കൂറീലോസ് വട്ടശ്ശേരില്‍ ഗീവര്‍ഗീസ് മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് എന്നിവരെ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരായി വാഴിക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു. 1908-ല്‍ ഇവരെ അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരുന്ന മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് അബ്ദെദ് ആലോഹോ രണ്ടാമന്‍ (1906-1915) മെത്രാപ്പോലീത്തമാരായി വാഴിച്ചു.
1909-ല്‍ കേരളത്തിലെ സഭയെ അതിന്‍റെ പരീക്ഷണ കാലഖട്ടത്തില്‍ നയിച്ച മലങ്കര മെത്രാപൊലീത്ത പുലിക്കോട്ടില്‍ മോ ദീവന്നസ്യോസ് അഞ്ചാമന്‍ കാലം ചെയ്യുകയും, വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് തല സ്ഥാനത്തേക്ക് മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് ആറാമന്‍ എന്നാ പേരില്‍ ഉയര്‍ത്തപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ചുരുങ്ങിയ നാളുകള്‍ക്കുള്ളില്‍ തന്നെ അദ്ദേഹം മറ്റു കൈക്കരന്മാരായ സുറിയാനി പണ്ഡിതന്‍ വന്ദ്യ കോനാട്ട് മാത്തന്‍ മല്പ്പന്‍ (വൈദീക ട്രസ്ടീ), സി.ജെ.കുരിയന്‍ (അല്‍മായ ട്രസ്ടീ) എന്നിവരുമായി അഭിപ്രായ വ്യത്യാസം ഉണ്ടാകുകയും, തര്‍ക്കത്തില്‍ ആകുകയും ചെയ്തു. ചുരുങ്ങിയ സമയത്തിനുള്ളില്‍ തന്നെ തര്ര്‍ക്കം രൂക്ഷമാകുകയും, അന്ത്യോഖ്യാ-മലന്കാ ബന്ധം എന്നാ വികാരത്തെ ചോദ്യം ചെയ്യുന്ന തരത്തില്‍ വരെ വളരുകയും ചെയ്തു. തന്‍റെ ആത്മീയ മേല്‍സ്ഥാനിയും ആത്മീയ പിതാവുമായ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് അബ്ദെദ് ആലോഹോ രണ്ടാമന്‍ (1906-1915) പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയെ തള്ളി പറയുകയും, കല്‍പ്പനകള്‍ അന്ഗീകരിക്കതിരിക്കുകയും ചെയ്യാന്‍ ആരംഭിച്ചു, തല്‍ഫലമായി 1911-ല്‍ അദ്ധേഹത്തെ സഭയില്‍ നിന്നും പുറത്താക്കി. അകാനോനികമായ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ മൂലം സ്ഥാന്‍ബ്രഷ്ടനാക്കപ്പെട്ട അബ്ദുല്‍ മശിഹ പാത്രീയര്‍ക്കീസിനെ വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് 1912-ല്‍ മലങ്കരയില്‍ കൊണ്ടുവരികയും, അദ്ധേഹത്തെ കാതോലിക്കാ ആയി വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു. 1865-ല്‍ പരിശുദ്ധ എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹദോസ് തീരുമാനപ്രകാരം മലങ്കരയിലെ കാതോലിക്കേറ്റ് നിര്‍ത്തലാക്കി എന്നും, മറ്റൊരു എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹോസ് കൂടിയേ കാതോലിക്കേറ്റ് സതാപനം നടത്താന്‍ പറ്റു എന്നും, അകാനോനികമായ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ മൂലം സ്ഥാന ഭ്രഷ്ടനാക്കപ്പെട്ട അബ്ദുള്‍ മശിഹായെ കാതോലിക്കാ ആയി വാഴിക്കാന്‍ പറ്റില്ല എന്നും മലങ്കരയിലെ സത്യ സുറിയാനി സഭാ വിശ്വാസികള്‍ വാദിച്ചു.
മെത്രാപ്പോലീത്ത ആയി വാഴിക്കണം എന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് പരി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരുന്ന മോര്‍ അബ്ദെദ് ആലോഹോ രണ്ടാമന്‍റെ (അബ്ദുള്ള)(അബ്ദുള്‍ മിശിഹായ്ക്കു ശേഷം പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയ) അടുക്കല്‍ ചെന്നു. അബ്ദുള്‍ മശിഹ സ്ഥാന ഭ്രഷ്ടന്‍ ആയിരുന്നു എന്ന് തെളിയിക്കുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും വലിയ തെളിവാണിത്. അബ്ദുള്‍ മശിഹ സ്ഥാനഭ്രഷ്ടന്‍ ആക്കപ്പെട്ടിരുന്നില്ല എന്ന് മെത്രാന്‍ കക്ഷികള്‍ വാദിക്കുന്നുണ്ട്, എങ്കില്‍ എന്ത് കൊണ്ടാണ് വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് അബ്ദുല്‍ മിശിഹായുടെ അടുക്കല്‍ പോകാതെ മോര്‍ അബ്ദെദ് ആലോഹോ രണ്ടാമന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ അടുക്കല്‍ മെത്രാപ്പോലീത്ത വഴ്വിനു ചെന്നു എന്നത് നിഗൂഡം ആണ്.
വളരെ ചുരുങ്ങിയ സമയം കൊണ്ട് തന്നെ യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയിലെ ഭിന്നിപ്പ് അതിന്‍റെ മൂര്‍ദ്ധന്യാവസ്ഥയില്‍ എത്തുകയും, നിശ്ചയമായ പിളര്‍പ്പിലേക്ക് എത്തുകയും ചെയ്തു. തെക്കന്‍ പ്രദേശത്തു ഉള്ള മൂന്നു ഭദ്രസനങ്ങളിലെ നല്ലൊരു ശതമാനം പേരും സ്ഥാനഭ്രഷ്ടന്‍ ആക്കപ്പെട്ട വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസിന്‍റെ കൂടെ നിന്നപ്പോള്‍, വടക്കന്‍ ഭദ്രസനങ്ങളില്‍ പെട്ടവര്‍ ആകമാന സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയുടെ കീഴില്‍ സത്യ വിസ്വസ്തില്‍ അടിയുറച്ചു നിന്നു. വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസിന്‍റെ നേതൃത്വത്തില്‍ നിന്ന തെക്കന്‍ പ്രദേശങ്ങളിലുലുള്ളവര്‍ മെത്രാന്‍ കക്ഷിക്കാര്‍ (കാതോലിക്കാ പക്ഷം) എന്നും, സത്യ വിശ്വാസത്തില്‍ ഉറച്ചു നിന്നവര്‍ ബാവാ കക്ഷിക്കാര്‍ (പാത്രീയര്‍ക്കീസ് പക്ഷം) എന്നും അറിയപ്പെട്ടു തുടങ്ങി. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് വിഭാഗക്കാര്‍ മലങ്കര യാക്കോബായ സഭ എന്ന് അറിയപ്പെട്ടപ്പോള്‍, മെത്രാന്‍ കക്ഷികള്‍ 1920-ല്‍ “മലബാറിലെ ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സുറിയാനി സഭ” എന്നും, അതിനു ശേഷം 1934-ല്‍ ഒരു ഭരണഖടന റെജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തപ്പോള്‍ “ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സുറിയാനി സഭ” എന്ന് പേര് മാറ്റുകയും ചെയ്തു.
1911-ലെ പിളര്‍പ്പിനു ശേഷം വട്ടശ്ശേരില്‍ തിരുമേനിയോടൊപ്പം അഭിഷിക്തനായ കൊച്ചുപറമ്പില്‍ പൌലോസ് മോര്‍ കൂറീലോസ് യാക്കോബായ സഭയുടെ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്ത ആകുകയും, അദ്ധേഹത്തിന്‍റെ കാല ശേഷം ആലുവ തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയില്‍ കബറടങ്ങിയിരിക്കുന്ന സത്യ വിശ്വാസ സംരക്ഷകന്‍ ആയ പൗലോസ്‌ മോര്‍ അത്താനാസ്യോസും മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്ത ആയി.
പിളര്‍പ്പിന്‍റെ തുടക്കം മുതല്‍ തന്നെ പല തരത്തില്‍ ഉള്ള സമാധാന ശ്രമങ്ങള്‍ ഉണ്ടായിട്ടുണ്ട്, എന്നിരുന്നാലും, 1931-ല്‍ അന്ത്യോഖ്യാ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരുന്ന മോരാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് ഏലിയാസ്‌ തൃതീയന്‍ ബാവാ മലങ്കരയില്‍ എഴുന്നുള്ളി വന്നപ്പോള്‍, സ്ഥാന ഭ്രഷ്ടന്‍ ആക്കപ്പെട്ട വട്ടശ്ശേരില്‍ മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസിനെറ്റ് മുടക്ക് പിന്‍വലിക്കുകയും, മലങ്കരയില്‍ സമാധാനത്തിനെറ്റ് ഒരു പുതിയ അധ്യായം രചിക്കുകയും ചെയ്തു.
സമാധാന ശ്രമം പൂര്‍ണ്ണമായും ഫലപ്രദം ആകുന്നതിനു മുന്‍പ് പരിശുദ്ധ പിതാവ് കാലം ചെയ്യുകയും, മഞ്ഞിനിക്കരയില്‍ കബറടങ്ങുകയും ചെയ്തു. പരിശുദ്ധ പിതാവിന്‍റെ കബര്‍ ഇന്നും മലങ്കര മക്കള്ക്ക് ഒരു ആശ്വാസ കേന്ദ്രമാണ്.
1940-കളിലും 1950-കളിലുമുള്ള തിരുവിതാംകൂര്‍-കൊച്ചി കോടതി വിധികള്‍ എല്ലാം തന്നെ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് പക്ഷത്തിനു അനുകൂലം ആയി വന്നു എങ്കിലും മലങ്കരയിലെ തര്‍ക്കത്തിന് പരിഹാരം ആയില്ല. പാത്രീയര്‍ക്കീസ് പക്ഷം കോടതികളില്‍ വിജയിച്ചു കൊണ്ടിരിക്കുന്ന സമയത്ത് 1957-ല്‍ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയ മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് തൃതീയന്‍ ബാവാ, തന്‍റെ പ്രഥമ കല്‍പ്പനയില്‍, മലങ്കരയില്‍ സമാധാനം ഉണ്ടാകേണം എന്നുള്ള അദ്ധേഹത്തിന്‍റെ ആഗ്രഹം പ്രകടിപ്പിച്ചു. മലങ്കരയില്‍ സമാധാനത്തിനു വേണ്ടിയുള്ള അദ്ധേഹത്തിന്‍റെ ശ്രമങ്ങള്‍ ഇന്നും ഓര്‍ക്കപ്പെടുന്നു. നിയമത്തിന്‍റെയും സാങ്കേതികതയുടെയും പേരില്‍ സുപ്രീം കോടതിയില്‍ മെത്രാന്‍ കക്ഷി വിഭാഗം വിജയിക്കും വരെ അവര്‍ സമാധാനത്തിനു അനുകൂലമായ നിലപാടുകള്‍ എടുത്തില്ല.
നീണ്ട കാലത്തെ ചര്‍ച്ചകളുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ 1958 ഡിസംബര്‍ 16-നു അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായും മെത്രാന്‍ കക്ഷി സഭയുടെ തലവനും പരസ്പര സമാധാനത്തിന്‍റെ വിത്തുകള്‍ പാകാന്‍ പരസ്പരം സ്വീകരിച്ചു. അങ്ങനെ ഇരിക്കെ, അവസാന നിമിഷം പരസ്പര-സ്വീകരണ പത്രികയില്‍ മെത്രാന്‍ കക്ഷി വിഭാഗം ചര്‍ച്ചകള്‍ക്ക് എതിരായി പുതിയ ഒരു ക്ലോസ് കൂടി എഴുതി ചേര്‍ത്തു. അതിന്‍ പ്രകാരം മെത്രാന്‍ കക്ഷികള്‍ 1934-ലെ മലങ്കര സഭ ഭരണഖടന പ്രകാരം മാത്രമേ അന്ത്യോഖ്യായിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയെ അംഗീകരിക്കൂ. സമാധാനം ആഗ്രഹിച്ചിരുന്നവരുടെ താല്‍പര്യാര്‍ത്ഥം പരസ്പര ധാരണ ഉണ്ടാക്കിയതിനു എതിരായാണു മെത്രാന്‍ കക്ഷികള്‍ അവസാന നിമിഷം ഇപ്രകാരം എഴുതി ചേര്‍ത്തത്. മലങ്കരയില്‍ സമാധാനം ഉണ്ടാകണം എന്ന് ആഗ്രഹിച്ചു പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവാ മലങ്കരയിലെ സത്യ വിശ്വാസികളെ സമാധാനിപ്പിച്ചു.
1958-ലെ സമാധാനത്തിനു പിന്നാലെ മെത്രാന്‍ കക്ഷി സഭ തലവനും വിശ്വാസികളും മലങ്കരയിലെ സത്യ വിശ്വാസികളുടെ മനസ്സിനെ വ്രണപ്പെടുത്തുന്ന രീതിയില്‍ പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിക്കുകയും, പരിശുദ്ധ സഭയെയോ, തലവനയോ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബവയെയോ അംഗീകരിക്കുകയോ ചെയ്തില്ല. വിശ്വാസികളും വൈദീക സമൂഹവും ഇതില്‍ തൃപ്തര്‍ അല്ലായിരുന്നു, പക്ഷെ വിധിയെ പഴിച്ചു സമാധാനത്തോടെ ഇരുന്നു. അര്‍ത്താറ്റ് സിംഹാസന പള്ളി, കല്ലുംകത്ര പള്ളി, കട്ടപുറത്തു പള്ളി എന്നിവിടങ്ങളില്‍ ഉണ്ടായ ഉണ്ടായ ദുരനുഭവങ്ങള്‍ വിശ്വാസി സമൂഹത്തെ പ്രതികരിക്കാന്‍ പ്രേരിപ്പിച്ചു. തല്‍ഫലമായി 1960-ല്‍ അപ്പോസ്തോലിക പാരമ്പര്യം കാത്തു സൂക്ഷിക്കുന്ന വിവിധ ദേവാലയങ്ങളുടെ പ്രധിനിധികള്‍ മണര്‍കാട് പള്ളിയില്‍ വച്ച് യോഗം കൂടുകയുണ്ടായി. മണര്‍കാട് വച്ച് കൂടി യോഗത്തില്‍ മെത്രാന്‍ കക്ഷികളുടെ കാതോലിക്കാ സത്യ (അപ്പോസ്തോലീക) വിശ്വാസത്തില്‍ ഉറച്ചു നില്‍ക്കുന്ന പള്ളികളില്‍ ബലം ഉപയോഗിച്ച് കയറാന്‍ ശ്രമിക്കുന്നതിനെയും അവരുടെ വിശ്വാസം അടിച്ചേല്‍പ്പിക്കാന്‍ ശ്രമിക്കുന്നതിനെയും വിമര്‍ശിച്ചു. അവിടെ കൂടിയിരുന്ന വിശ്വാസികളുടെ അഭ്യര്‍ത്ഥന പ്രകാരം മോര്‍ പീലക്സീനോസ് അന്ത്യോഖ്യയില്‍ ചെല്ലുകയും, പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബവയോടു മലങ്കരയിലെ അവസ്ഥ വിവരിക്കുനയും ചെയ്തു. മലങ്കരയില്‍ സമാധാനം ആഗ്രഹിച്ച പരിശുദ്ധ പിതാവ്, ഇനിയൊരു പിളര്‍പ്പ് ഉണ്ടാകാതിരിക്കുന്നതിനു വേണ്ടി, മോര്‍ പീലക്സീനോസിനെ മടക്കി അയക്കുകയും, മെത്രാന്‍ കക്ഷികളുടെ ഭാഗത്ത്‌ നിന്ന് എന്തൊക്കെ പ്രകോപനം ഉണ്ടായാലും, സമാധാനം കൈവരിക്കാന്‍ ശ്രമിക്കണം എന്ന് കല്‍പ്പിച്ചു അരുളി ചെയ്തു. പരിശുദ്ധ പിതാവ് മലങ്കരയില്‍ സമാധാനം പുനസ്ഥാപിക്കാന്‍ വേണ്ടി ചെയ്തതിനെ ഒക്കെയും വിഫലം ആക്കിക്കൊണ്ടു, ചര്‍ച്ചകളിലൂടെ ഒന്നായ സഭയിലെ പരിശുദ്ധ എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹദോസില്‍ നിന്നും 1960 ജൂണ്‍ 17-നു മോര്‍ പീലക്സീനോസിനെ പുരതാക്കിക്കൊണ്ട് മെത്രാന്‍ കക്ഷികളുടെ കാതോലിക്കാ കല്‍പ്പന പുറപ്പെടുവിച്ചു.
ഏതൊക്കെ തരത്തിലുള്ള പ്രകോപനം ഉണ്ടായാലും സഭ ഒന്നായി നില്‍ക്കണം എന്നാഗ്രഹിച്ച പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ (കാലം മലങ്കരയില്‍ സമാധാനം കൊണ്ടുവരും എന്ന് അദ്ദേഹം ഉറച്ചു വിശ്വസിച്ചു) ആഗ്രഹ പ്രകാരം മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭ ഒന്നായ സഭയോടു യോഗിച്ചു നിന്ന്.
1964-ല്‍ മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് തൃതീയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവാ മലങ്കരയില്‍ എഴുന്നുള്ളി വരികയും, മോര്‍ ഔഗേന്‍ തിരുമേനിയെ മോര്‍ ബസേലിയോസ് ഔഗേന്‍ ഒന്നാമന്‍ എന്നാ നാമത്തില്‍ കിഴക്കിന്‍റെ കാതോലിക്കാ ആയി വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു. തുടര്‍ന്ന് മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് തൃതീയന്‍ പാതീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ മേല്‍നോട്ടത്തില്‍ പരിശുദ്ധ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയിലെ എല്ലാ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരും മധ്യ-പൂര്‍വ്വേഷ്യന്‍ രാജ്യങ്ങളില്‍ നിന്നുള്ള മെത്രാപ്പോലീത്തമാരും ഉള്‍പ്പെട്ട, കോട്ടയത്ത്‌ വച്ച് കൂടിയ അകമന സഭയുടെ പരിശുദ്ധ എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹദോസ് ഇന്ത്യയിലെ കാതോലിക്കേറ്റിന്‍റെ സ്ഥാപനം കുറിക്കുകയും, അതിന്‍റെ ഭരണാധികാരം ഇന്ത്യയില്‍ മാത്രമാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തു.
സമാധാനത്തിന്‍റെ ഒരു പുതിയ അദ്ധ്യായത്തിനു ഇങ്ങനെ തുടക്കം കുറിച്ച് എങ്കിലും, 1970-കളോടെ മെത്രാന്‍ കക്ഷി വിഭാഗത്തിലെ തീവ്ര ചിന്താഗതിക്കാരുടെ കടുംപിടുത്തം നിമിത്തം മോര്‍ ഔഗേന്‍ പ്രഥമന്‍ കാതോലിക്കാ മാര്‍ തോമാ സിംഹാസനം എന്നാ പുതിയ വാദഗതിയുമായി ആയി ഇറങ്ങി തിരിച്ചു. ഇതിന്‍ പ്രകാരം, അദ്ദേഹം മാര്‍ തോമായുടെ സിംഹാസനത്തില്‍ ഇരിക്കുകയും, മാര്‍ തോമായുടെ പിന്ഗാമി ആണെന്ന് വാദിക്കുകയും, തന്‍റെ ആത്മീയ തലവനായ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയോട് തുല്യന്‍ ആണെന്നും പ്രഖ്യാപിച്ചു. കാലങ്ങളായി പരിശുദ്ധ സഭ വിശ്വസിച്ചു പോന്ന കാര്യങ്ങള്‍ മാറ്റം വരുത്തുന്നതിന് അവര്‍ സഭയുടെ സണ്ടേ സ്കൂള്‍ അടക്കമുള്ള ആത്മീയ പ്രസ്ഥാനങ്ങളില്‍ കൈ കടത്താന്‍ ആരംഭിച്ചു. ചരിത്രവും വിശ്വാസവും അടക്കമുള്ള കാര്യങ്ങളില്‍ അവര്‍ നടത്തിയ ക്രമക്കേടുകള്‍ മലങ്കരയിലെ യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയെ മാത്രമല്ല, സമാധാനത്തിനു വേണ്ടി നിലകൊണ്ട പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയെയും വേദനിപ്പിച്ചു.
സത്യ വിശ്വാസത്തില്‍ (അപ്പോസ്തോലിക) ഉറച്ചു നില്‍ക്കണം എന്ന് ആഗ്രഹിച്ചവര്‍ ഒന്നിച്ചു കൂടുകയും, യഥാര്‍ത്ഥ വിശ്വാസം നിലനിര്‍ത്തുന്നതിന് വേണ്ടി അക്ഷീണം പ്രയത്നിക്കുകയും ചെയ്തു. സത്യ സുറിയാനി സഭയിലെ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരുടെയും വൈദീകരുടെയും വിശ്വാസി സമൂഹത്തിന്‍റെയും തുടരെ തുടരെ ഉള്ള ആവശ്യപ്പെടല്‍ നിമിത്തം, 1975-ല്‍ ആകമാന സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയുടെ പരിശുദ്ധ സുന്നഹദോസ് വിളിച്ചു കൂട്ടുകയും, തെറ്റിപ്പോയ കാതോലിക്കായ്ക്ക് എതിരെ നടപടി സ്വീകരിക്കാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. സത്യ വിശ്വാസം നിലനിര്‍ത്തുന്നതിന് വേണ്ടിയും, തെറ്റായ നിലപ്പാടുകള്‍ തിരുത്തുന്നതിനു വേണ്ടു പരിശുദ്ധ പിതാവ് ഔഗേന്‍ പ്രഥമന്‍ കാതോലിക്കയെ തലസ്ഥാനത്ത് നിന്ന് നീക്കുകയും ചെയ്തു.
1964-ല്‍ മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് തൃതീയന്‍ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവാ മലങ്കരയില്‍ എഴുന്നുള്ളി വരികയും, മോര്‍ ഔഗേന്‍ തിരുമേനിയെ മോര്‍ ബസേലിയോസ് ഔഗേന്‍ ഒന്നാമന്‍ എന്നാ നാമത്തില്‍ കിഴക്കിന്‍റെ കാതോലിക്കാ ആയി വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു. തുടര്‍ന്ന് മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് യാക്കൂബ് തൃതീയന്‍ പാതീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ മേല്‍നോട്ടത്തില്‍ പരിശുദ്ധ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭയിലെ എല്ലാ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരും മധ്യ-പൂര്‍വ്വേഷ്യന്‍ രാജ്യങ്ങളില്‍ നിന്നുള്ള മെത്രാപ്പോലീത്തമാരും ഉള്‍പ്പെട്ട, കോട്ടയത്ത്‌ വച്ച് കൂടിയ അകമന സഭയുടെ പരിശുദ്ധ എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹദോസ് ഇന്ത്യയിലെ കാതോലിക്കേറ്റിന്‍റെ സ്ഥാപനം കുറിക്കുകയും, അതിന്‍റെ ഭരണാധികാരം ഇന്ത്യയില്‍ മാത്രമാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തു.
ഈ അവസരത്തിലാണ് മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭ മോര്‍ പീലക്സീനോസ് പൌലോസ് തിരുമേനിയെ കാതോലിക്കാ സ്ഥാനി ആയി തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതും, 1975-ല്‍ ബസേലിയോസ് പൌലോസ് രണ്ടാമന്‍ എന്നാ പേരില്‍ ഇന്ത്യയുടെ കാതോലിക്കാ ആയി വാഴിക്കുന്നതും. 2000 വര്‍ഷത്തെ പാരമ്പര്യം ഉള്ള പരിശുദ്ധ സഭയില്‍ ആബൂന്‍ മോര്‍ ബസേലോയോസ് പൗലോസ്‌ രണ്ടാമന്‍ ബാവയ്ക്ക് മലങ്കരയില്‍ നിന്നും ആദ്യമായി അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയുടെ (1980-ല്‍ അന്ത്യോഖ്യായുടെയും കിഴക്കൊക്കെയുടെയും പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയ മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് സക്കാ ഇവാസ് പ്രഥമന്‍ ബാവയുടെ പാത്രീയര്‍ക്കാ സ്ഥാനാരോഹണ ചടങ്ങുകള്‍) സ്ഥാനാരോഹണ ചടങ്ങുകള്‍ക്ക് മുഖ്യ കാര്‍മികത്വം വഹിക്കാന്‍ സാധിക്കുകയുണ്ടായി. 1996 സെപ്തംബര്‍ 1-ആം തിയതി ബാവാ കാലം ചെയ്യുന്നത് വരെ മലങ്കര സഭയുടെ പ്രാദേശിക തലവന്‍ ആയി അദ്ദേഹം തുടര്‍ന്നു. കാലം ചെയ്ത വന്ദ്യ പിതാവിന്‍റെ ബൗദീക ശരീരം എറണാകുളം ജില്ലയിലെ പ്രസിദ്ധമായ മലേക്കുരിശു ദയറയില്‍ കബറടക്കിയിരിക്കുന്നു.
ബാഗ്ദാദിലെ ആര്‍ച് ബിഷപ്‌ ആയിരുന്ന മോര്‍ സേവേറിയോസ് സാക്കായെ 1980 സെപ്റ്റംബര്‍ 4-ആം തിയതി മലങ്കരയുടെ കാതോലിക്കാ ബസേലിയോസ് പൌലോസ് രണ്ടാമന്‍ ബാവാ മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് സാക്കാ ഇവാസ് പ്രഥമന്‍ എന്നാ സ്ഥാനപ്പേരില്‍ അന്ത്യോഖ്യയുടെയും കിഴക്കൊക്കെയുടെയും പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയി വാഴിച്ചു. നീണ്ട രണ്ടായിരം വശത്തെ ചരിത്രത്തില്‍ ആദ്യം ആയാണു. മലങ്കരയില്‍ നിന്നുള്ള ഒരു കാതോലിക്കാ ബാവാ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവായുടെ സ്ഥാനാരോഹണത്തിനു പ്രധാന കാര്‍മികന്‍ ആകുന്നതു.
പുതിയ കാതോലിക്കാ ബാവായുടെ (ആബൂന്‍ മോര്‍ ബസേലിയോസ് തോമസ്‌ പ്രഥമന്‍) സ്ഥാനാരോഹണവും, മലങ്കര സഭയുടെ ഇന്നത്തെ ഭരണ സംവിധാനവും
1999 ഡിസംബര്‍ 27-ആം തിയതി ഇന്ത്യയിലെ പരിശുദ്ധ എപ്പിസ്കോപ്പല്‍ സുന്നഹദോസ് പ്രസിഡന്റും മലങ്കരയിലെ ഏറ്റവും വല്യ ഭദ്രസനവുമായ അങ്ങമാളി ഭദ്രാസനത്തിന്‍റെ തലവനും ആയിരുന്ന മോര്‍ ദീവന്നസ്യോസ് തോമസ്‌ (ചെറുവള്ളില്‍) തിരുമേനിയെ മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ കാതോലിക്കാ സ്ഥാനി ആയി തിരഞ്ഞെടുത്തു. നീണ്ട ആറു വര്‍ഷത്തെ ഇടവേളയ്ക്കു ശേഷം 2002 ജൂലൈ 26-നു ആകമാന സുറിയാനി സഭയുടെ തലവനും അന്ത്യോഖ്യായുടെയും കിഴക്കൊക്കെയുടെയും പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് സക്കാ ഇവാസ് പ്രഥമന്‍ ബാവാ അദ്ധേഹത്തെ ആബൂന്‍ മോര്‍ ബസേലിയോസ് തോമസ്‌ പ്രഥമന്‍ എന്നാ പേരില്‍ കാതോലിക്കാ (മഫ്രിയാനോ) ആയി വാഴിച്ചു.
കാതോലിക്കാ സ്ഥാനാരോഹണ ചടങ്ങുകള്‍ക്ക് രണ്ടാഴ്ച മുന്‍പ് ആകമാന സുറിയാനി സഭയുടെ ഇന്ത്യയിലെ ഖടകം “യാക്കോബായ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തോഡോക്സ് സഭ അസ്സോസ്സിയേഷന്‍” എന്നാ പേരില്‍ ഒരു ഭരണഖടന സ്വീകരിച്ചു. ഈ ഭരണഖടന പ്രകാരം സെഷ്ഠ കാതോലിക്കാ ബാവാ മലങ്കരയിലെ മെത്രാപ്പോലീത്ത-ട്രസ്റ്റിയുടെ സ്ഥാനം കൂടി വഹിക്കും. മറ്റു കാര്യകര്‍ത്താക്കള്‍ :- വൈദീക ട്രസ്റ്റി ( വന്ദ്യ ഡോ. കുരിയന്‍ കോറെപ്പിസ്കോപ്പ കണിയാംപറമ്പില്‍), അല്‍മായ ട്രസ്റ്റി (ജോര്‍ജ്ജ് മാത്യു തെക്കേതലക്കല്‍), അസ്സോസ്സിയേഷന്‍ സെക്രട്ടറി ( തമ്പു ജോര്‍ജ്ജ് തുകലന്‍). ഇവരെ കൂടാതെ ഒരു പതിനെട്ടംഗ വര്‍ക്കിംഗ്‌ കമ്മിറ്റി, 120 അംഗ മാനേജിംഗ് കമ്മിറ്റി എന്നിവരെ കൂടി അസ്സോസ്സിയേഷന്‍ യോഗത്തില്‍ പങ്കെടുത്ത 700 ഇടവകകളില്‍ നിന്നുള്ള 3960 പ്രധിനിധികളില്‍ നിന്നായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു.ഇന്ത്യയിലെ യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ സെക്രട്ടറി ആയി ജോസഫ് മോര്‍ ഗ്രിഗോറിയോസ് തിരുമേനിയെയും തിരഞ്ഞെടുത്തു.
മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ ആത്മീയ പരമ മേലദ്ധ്യക്ഷന്‍ അന്തോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ബാവയും, ഇന്ത്യയിലെ സഭയുടെ ഭരണം ശ്രേഷ്ഠ കാതോലിക്കാ ബാവായുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ സഭയിലെ വിവിധ ഇടവകകളില്‍ നിന്നുമായി തിരഞ്ഞെടുക്കപെടുന്ന മലങ്കര അസ്സോസ്സിയെഷനും ആണും നടത്തുക. മലങ്കരയിലെ സഭയുടെ കാതോലിക്കയ്ക്ക് ഇന്ത്യയിലെ സഭയുടെ മേല്‍നോട്ടം ഉണ്ടെങ്കിലും, ഇടവക പള്ളികളുടെ പൂര്‍ണ്ണ ഭരണം ഇടവക പൊതുയോഗത്തിനും ആണ്.
ഭരണപരമായ സഭയുടെ ഏറ്റവും വലിയ മേന്മ എന്ന് പറയുന്നത്, എല്ലാ ഇടവക പള്ളികള്‍ക്കും സ്വന്തം നിലക്ക് തീരുമാനം എടുക്കാനുള്ള അവകാശം ആണ്, പുറത്തു നിന്നുള്ള യാതൊരു കൈ കടത്തലുകളും അനുവദനീയമല്ല. സഭയുടെ പൊതു കാഴ്ചപ്പാട് പ്രകാരം, ഇടവക പള്ളികളില്‍ ഭൂരിഭാഗവും അതി പുരാതനവും, വിശ്വാസികളുടെ താല്‍പര്യാര്‍ത്ഥം അവര്‍ ആരംഭിച്ചതുമാണ്, ആയതില്‍, വിശ്വാസപരമായ കാര്യങ്ങള്‍ക്കല്ലാതെ, മറ്റു യാതൊരു തരത്തിലുമുള്ള ഇടപെടലുകള്‍ സഭയില്‍ നിന്ന് ഉണ്ടാവുകയില്ല. ഇടവകയുടെ പൂര്‍ണ്ണ അധികാരം ഇടവക അംഗങ്ങള്‍ക്ക് ആണ്. പരിപൂര്‍ണ്ണമായും ജനാധിപത്യ രീതിയില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്ന ഏക സഭയായ മലങ്കരയിലെ യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭ അത് കൊണ്ട് തന്നെ മറ്റു സഭകളില്‍ നിന്നും വ്യത്യസ്തം ആണു. എ.ഡി. 1876-ല്‍ അന്ത്യോഖ്യയിലെ പരിശുദ്ധ പാത്രീയര്‍ക്കീസ് ആയിരുന്ന മോറാന്‍ മോര്‍ ഇഗ്നാത്തിയോസ് പത്രോസ് നാലാമന്‍റെ നേതൃത്വത്തില്‍ കൂടിയ മുളന്തുരുത്തി സുന്നഹദോസ് ആണ് ഇത്തരത്തിലുള്ള ഒരു ഭരണ സംവിധാനം മലങ്കര സഭയ്ക്ക് സമ്മാനിച്ചത്‌.
